На базі ФПО БДМУ первинна спеціалізація в інтернатурі здійснюється за 23 базовими спеціальностями напряму «Медицина» та 2 базовими спеціальностями напряму «Фармація»:
- Акушерство та гінекологія
- Анестезіологія та інтенсивна терапія
- Внутрішні хвороби
- Дерматовенерологія
- Дитяча хірургія
- Загальна практика-сімейна медицина
- Загальна фармація
- Інфекційні хвороби
- Клінічна онкологія
- Клінічна фармація
- Медична психологія
- Медицина невідкладних станів
- Неврологія
- Неонатологія
- Ортопедія і травматологія
- Отоларингологія
- Офтальмологія
- Патологічна анатомія
- Педіатрія
- Психіатрія
- Пульмонологія та фтизіатрія
- Стоматологія
- Судово-медична експертиза
- Урологія
- Хірургія
